Am 1. September 1939 brach der Zweite Weltkrieg aus. Bald begannen auch die ersten Deportationen ?sterreichischer Juden in das Generalgouvernement Polen, vor allem in das Gebiet von Lublin.
Noch immer gab es 25 bis 30 Kinder in Walpersdorf und die gleiche Anzahl von Bogerim wartete auf die Auswanderung. Ein Teil befand sich in verschiedenen Vorbereitungsmachanot, einige arbeiteten im Sekretariat der Bewegung und repr?sentierten auf diese Weise die zionistischen Organisationen.
Das Ken war fast leer. Im Wiener Hechalutz-Zentrum wurde versucht, einen gro?en Alijah B Transport zustande zu bringen. Diese Versuche waren schlie?lich erfolgreich und am 25. November 1939 verliessen die letzten Shomerim - 50 Jugendliche und Erwachsene - das Deutsche Reich.
Bevor sie sich die Chaverim von einander verabschiedeten und getrennt wurden, zerschnitten sie die Fahne der Kwutza "Nizachon" in drei Teile: einer f?r die Gruppe, die in den Kibbutz Beit Zera aufgenommen werden sollten, der zweite Teil f?r die Ma'apilim und der dritte Teil wurde Ehud Nahir ?bergeben, dem Madrich der Kwutza. Ehud Nahir hatte mit den Jugendlichen zuvor Vorbereitungslager un Ottertal und Walpersdorf absolviert. Sie versprachen einander, sich in Eretz Israel wieder zu treffen, um die Fahne wieder zu vereinen. Dieses Versprechen l?sten sie im April 1941 ein.

Dieser Transport, der als "Kladovo-Transport" traurige Ber?hmtheit erlangte, bestand aus 1200 Ma'apilim. Von Dezember 1939 bis M?rz 1941 steckte der Transport in Jugoslawien fest. Am 15. M?rz 1941, drei Wochen vor dem deutschen Einmarsch in Jugoslawien, konnten 200 Jugendliche, darunter 25 Shomerim, ?ber Griechenland, die T?rkei, Syrien und den Libanon nach Pal?stina reisen.
Die anderen Ma'apilim des Transportes, und mit ihnen auch Chaverim des Shomer HaZair in Wien, wurden im Oktober 1941 in Zazavica ermordet.